Sveikatos ekonomikos centras pagrindinai specializuojasi teikdamas paslaugas sveikatos ir socialinio sektoriaus institucijoms. Per 1993-2019 m. laikotarpį virš 80 SEC įgyvendintų projektų buvo susiję su sveikatos sektoriumi - sveikatos sistemos valdymas ir finansavimas, sveikatos draudimas, visuomenės sveikata, gyventojų sveikata ir paslaugų teikimas, sveikatos sistemos ištekliai ir jų paskirstymas. Atliekant situacijos analizes buvo vertinama ne tik situacija sveikatos sektoriuje bet ir platesnis šalies kontekstas – ekonominė, socialinė šalies situacija, atliekamos galimų pokyčių prognozės tiek trumpuoju laikotarpiu tiek ilgalaikei perspektyvai. SEC taip pat atliko visą eilę tyrimų ir darbų kitų sektorių institucijų užsakymu - LR Finansų ministerija, LR Ūkio ministerija, LR Socialinės apsaugos ir darbo ministerija, Sodra.
Per 1993-2019 m. m. SEC įgyvendino apie 10 projektų užsienio šalyse, - Gruzijoje, Rumunijoje, Turkijoje, Ukrainoje, Azerbaidžane.